Windows ME este un upgrade la Windows 9x, iar majoritatea software-urilor pentru Windows 95 și Windows 98 vor funcționa cu Windows ME. Spunem "majoritatea" deoarece software-ul, cum ar fi un program antivirus sau orice alt utilitar conceput pentru Windows 9x, nu vor funcționa (sau nu funcționează bine) în Windows ME. Structura fișierelor și fișierele de configurare s-au schimbat ușor în Windows ME. Cu toate acestea, jocurile, programele și alte programe software vor funcționa în Windows ME. Dacă software-ul nu funcționează, ar trebui să aibă o actualizare care să îi permită să funcționeze.